Судя по всему, МНС России в борьбе с возвратом НДС использует любые средства, в том числе и не совсем соответствующие законодательству. В частности, МНС России издало письмо от 13.01.2003 г. ≤ 03-1-08/522/13-Е533. Согласно этому письму при переходе на упрощенную систему налогоплательщик должен восстановить НДС, принятый к вычету при приобретении основных средств, на основании п. 8 ст. 145 и п. 3 ст. 170 НК РФ, исходя из остаточной стоимости основных средств. Так ли безупречна позиция налоговой службы?

Позиция МНС РФ ≤1
"Один из основополагающих тезисов письма сводится к тому, что суммы налога, предъявленные покупателю при приобретении товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, которые используются организациями после перехода их на упрощенную систему налогообложения, к вычету не принимается, а включается в стоимость этих товаров (работ, услуг) на основании подпункта 3 пункта 2 статьи 170 НК РФ".

Возражение:
Однако, пп. 3 п. 2 ст. 170 НК РФ говорит о том, что суммы НДС, предъявленные покупателю при приобретении основных средств, учитываются в стоимости таких основных средств, в случае приобретения основных средств, лицами, не являющимися налогоплательщиками в соответствии с настоящей главой либо освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика по исчислению и уплате налога.
Таким образом закон говорит о случаях, предъявления сумм НДС лицу, приобретающему основное средство, которое в момент приобретения такого имущества не является плательщиком НДС либо освобождено от исполнения обязанностей плательщика НДС. То есть момент приобретения основного средства и отсутствие у покупателя статуса плательщика НДС должны совпадать во времени.
Следовательно, пп. 3 пункта 2 статьи 170 НК РФ не распространяется на те случаи, когда организация, применяющая общую систему налогообложения, приобретает основное средство (с принятием уплаченных за него сумм НДС к вычету), для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с 21 главой НК РФ, но не использовавшая это средство для указанных операций до перехода на упрощенную систему налогообложения.

Позиция МНС РФ ≤ 2
Другой тезис письма сводится к следующему. Следует учитывать, что суммы налога, принятые налогоплательщиком к вычету в соответствии со статьями 171 и 172 Кодекса по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, приобретенным для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с 21 главой Кодекса, но не использованным для указанных операций, подлежат восстановлению в последнем налоговом периоде перед переходом его на упрощенную систему налогообложения.

Возражение:

Глава 21 НК РФ только в одном случае прямо говорит о необходимости восстановления сумм НДС по приобретенным основным средствам, приобретенным для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с 21 главой Кодекса, но не использованным для указанных операций - в п. 8 ст. 145 НК РФ. Однако этот пункт входит в статью, посвященную исключительно случаям утраты статуса плательщика НДС в связи с получением освобождения от исполнения обязанностей налогоплательщика.
Получение освобождения - налоговая льгота. Применение же упрощенной системы налогообложения - использование не налоговой льготы, а специального (альтернативного) режима налогообложения, который не предусмотрен главой 21 НК РФ.
Таким образом, МНС РФ в данном случае применяет не что иное как аналогию закона, т.е. распространяет на экономические отношения, которые прямо не урегулированы налоговым законом, норму налогового закона, регулирующего совершенно иные отношения.
Налоговое законодательство не допускает применения норм налогового законодательства по аналогии, что следует из норм Налогового Кодекса РФ. Это было подчеркнуто и Высшим Арбитражным Судом РФ (см. п. 7 информационного письма Президиума ВАС РФ от 31 мая 1999 г. ≤ 41).
Следовательно, к организациям, приобретшим основное средство (с принятием уплаченных за него сумм НДС к вычету) для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с 21 главой Кодекса, но не использовавшим его для указанных операций, при переходе с общей на упрощенную систему налогообложения, применять порядок аналогичный предусмотренному в п. 8 ст. 145 НК РФ недопустимо.

Позиция МНС ≤ 3
Еще одним аргументом налоговой службы является утверждение о том, что по строке 430 декларации по НДС должны показываются также аналогичные суммы налога организациями, перешедшими на упрощенную систему налогообложения, учета и отчетности, согласно пункту 2 статьи 1 Федерального закона от 29.12.95 N 222-ФЗ, а также организациями и индивидуальными предпринимателями, перешедшими на уплату единого налога на вмененный доход для определенных видов деятельности, согласно статье 1 Федерального закона от 31.07.98 N 148-ФЗ.

Возражение:
Действительно, такое правило установлено "Инструкцией по заполнению декларации по налогу на добавленную стоимость и декларации по налогу на добавленную стоимость по операциям, облагаемым по налоговой ставке 0 процентов" (утв. приказом Министерства Российской Федерации по налогам и сборам от 21.01.2002 ≤ БГ-3-03/25). По своей сути это правило устанавливает порядок исчисления налога (т.к. показатели по строке 430 должны быть исключены из суммы налоговых вычетов, которые уменьшают сумму НДС, начисляемую к уплате в бюджет). В тоже время глава 21 НК РФ прямо не предусматривает, что организации, приобретшие основное средство (с принятием уплаченных за него сумм НДС к вычету) для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с 21 главой Кодекса, но не использовавшие это средство для указанных операций, при переходе с общей на упрощенную систему налогообложения, должны восстановить ранее принятые к вычету суммы НДС по указанным средствам.
В соответствии с п. 5 ст. 3 НК РФ ни на кого не может быть возложена обязанность уплачивать налоги, установленные в ином порядке, чем это определено НК РФ. Порядок исчисления налога является элементом налогообложения, который должен быть в обязательном порядке определен законодательным актом (следует из ст. 3 и 17 НК РФ). Согласно п. 1 ст. 4 НК РФ федеральные органы исполнительной власти, органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, исполнительные органы местного самоуправления, органы государственных внебюджетных фондов в предусмотренных законодательством о налогах и сборах случаях издают нормативные правовые акты по вопросам, связанным с налогообложением и сборами, которые не могут изменять или дополнять законодательство о налогах и сборах.
Налоговым кодексом не предусмотрена возможность применения норм налогового законодательства по аналогии.
Согласно п. 7 ст. 3 НК РФ все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу налогоплательщика.
Учитывая вышеизложенное, раздел 3 Инструкции ≤ БГ-3-03/25 неправомерно дополняет законодательство о налогах и сборах.

Заключение:
Учитывая все вышеизложенное можно сделать следующий вывод.
В соответствии с п. 1 ст. 172 НК РФ вычеты сумм НДС, предъявленных продавцами налогоплательщику при приобретении основных средств производятся в полном объеме после принятия данных основных средств на учет.
Из смысла п. 8 ст. 145, п. 3 ст. 170 и п. 1 ст. 172 НК РФ прямо не следует, что суммы НДС по приобретенным основным средствам, принятые к вычету в установленном законом порядке, подлежат обязательному восстановлению и уплате в случае, если налогоплательщик в дальнейшей деятельности будет применять упрощенную систему налогообложения.
Также НК РФ, не содержит норм, указывающих на необходимость восстановления названных сумм налога. Пункт 8 ст. 145 НК РФ, п. 3 ст. 170 НК РФ таковыми не являются, поскольку не распространяются на отношения, возникающие в связи с переходом налогоплательщика с общей системы налогообложения на упрощенную.
Кстати на практике, этот вывод был также подтвержден постановлениями Федерального Арбитражного Суда Уральского округа от 13.02.2002 г. ≤ Ф09-221/02-АК И от 28.10.2002 г. ≤ Ф09-2288/02-АК).