Приказ МНС РФ от 9 апреля 2003 г. ≤БГ-3-21/177 утвердил Методические рекомендации по применению главы 28 "Транспортный налог".
Несмотря на то, что данный налог является региональным, МНС РФ дает централизованный рекомендации налоговым органам на местах по правильному сбору налога. Как обычно, Методические рекомендации разработаны МНС РФ в том числе для территориальных органов, осуществляющими контроль за соблюдением законодательства о налогах и сборах, правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты. Кроме того, Данные Методические рекомендации изданы в целях единообразного применения налоговыми органами Российской Федерации норм главы 28 НК РФ.
Радел I "Общие положения" Методических рекомендаций описывает акты законодательства, которыми необходимо руководствоваться при исчислении налога. Так основные элементы налогообложения, такие как: объект налогообложения, налоговая база, налоговый период и порядок исчисления налога, - установлены непосредственно главой 28 "Транспортный налог" НК РФ.
Законодательные (представительные) органы власти субъекта РФ должны определить ставки транспортного налога в пределах, установленных главой 28, порядок и сроки уплаты налога, форма отчетности по налогу.
Таким образом, при осуществлении контроля необходимо руководствоваться НК РФ и законодательными актами субъектов РФ в части, предусмотренной Кодексом.
Раздел III. "Налогоплательщики" (статья 357 Кодекса) подробно описывает, кто относится к плательщикам налога, дополняя статью 357.
Налогоплательщиками по транспортному налогу признаются лица (организации и физические лица), на которых в соответствии с законодательством Российской Федерации зарегистрированы транспортные средства, признаваемые объектом налогообложения в соответствии со статьей 358 Кодекса. Сведения о регистрации транспортных средств налоговым органам предоставляются органами, осуществляющими государственную регистрацию транспортных средств.
Физические лица уплачивают налог на основании извещения, полученного от налоговых органов.
Физические лица, получившие по доверенности на передачу прав распоряжения и владения транспортные средства, будут являться плательщиками налога при соблюдении трех условий:
1) транспортное средство должно быть приобретено до момента официального опубликования Федерального закона от 24.07.2002 г. ≤110-ФЗ
2) транспортное средство должно быть передано другому лицу до момента официального опубликования Федерального закона от 24.07.2002 ≤110-ФЗ
3) необходимо, чтобы на основании доверенности были переданы права на владение и распоряжение транспортным средством.
Также необходимо уведомление, представленного в налоговый орган лицом, на которое зарегистрировано транспортное средство.


Объект налогообложения, расчет налоговой базы
В соответствии со статьей 362 НК РФ налогоплательщики - организации исчисляют сумму налога самостоятельно. Сумма налога физических лиц исчисляется налоговыми органами на основании сведений о регистрации транспортных средств. Данные сведения представляются в налоговые органы.
По самостоятельному исчислению организациями налога в Методических рекомендациях даются разъяснения с примерами.
Исчисление транспортного налога производится с учетом количества месяцев, в течение которых транспортное средство было зарегистрировано на налогоплательщика в налоговом периоде. При этом месяц регистрации, а также месяц снятия транспортного средства с регистрации принимаются за полный месяц.

Если транспортное средство было угнано, исчисление транспортного налога производится в течение налогового периода с учетом количества месяцев, в течение которых транспортное средство находилось во владении налогоплательщика.
Налогоплательщики в случае угона (кражи) транспортного средства представляют в налоговый орган документ, подтверждающий факт кражи (возврата) транспортного средства.
При этом документы, подтверждающие факт угона (кражи) транспортного средства, выдаются органами МВД России (ГУВД, ОВД, УВД и др.), осуществляющими работу по расследованию и раскрытию преступлений, в том числе угонов (краж) транспортных средств.

В Методических рекомендациях также описан порядок расчета налога в случае замены двигателя и (или) изменения его мощности. В этом случае налоговая база определяется исходя из сумм произведений:
-первоначальной мощности двигателя на количество месяцев с данной мощностью
и
- вновь установленной мощности двигателя на количество месяцев с новой мощностью.
Налог не платится с пассажирских и грузовых морских, речных и воздушных судов, находящихся в собственности организаций, основной вид деятельности которых - пассажирские и (или) грузовые перевозок. Подтверждением основного вида деятельности будут учредительные документы, действующая лицензия на грузовые и (или) пассажирские перевозки и получение выручки от пассажирских и грузовых перевозок.
Налоговым периодом по транспортному налогу признается календарный год. Поэтому срок уплаты налога может быть установлен только по окончании налогового периода - календарного года. Но субъекты РФ могут устанавливать сроки и порядок уплаты авансовых платежей в своих законодательных актах. Субъекты РФ также должны устанавливать сроки и порядок представления налоговых деклараций по местонахождению транспортных средств. Физические лица не должны подавать декларации. До 1 июня года, являющимся налоговым периодом, физическим лицам должны прислать уведомление о сумме налога, подлежащего уплате.
Налоговые ставки по транспортному налогу устанавливаются законами субъектов Российской Федерации. При этом субъекты Российской Федерации вправе проводить собственную дифференциацию налоговых ставок в зависимости от мощности двигателя, валовой вместимости, категории транспортных средств, а также года выпуска транспортных средств (срока полезного использования - срока эксплуатации).